Variants du coronavirus : on vous explique tout

Au Maroc comme dans le reste du monde, l’arrivée des premiers vaccins contre la Covid-19 a fait souffler un vent d’optimisme. Les gouvernements ont accéléré les campagnes de vaccination, seul espoir de sortie de cette crise. En effet, qui dit éradication du virus dit reprise économique. Une lueur d’espoir après une année 2020 marquée par la pandémie meurtrière du coronavirus et les crises qu’elle a engendrées. Ainsi, l’arrivée des vaccins laissait penser que la situation ne pouvait que rapidement s’améliorer, et qu’il suffirait de faire preuve d’un peu de patience.

Alors qu’on commençait à espérer une sortie de la crise sanitaire en quelques mois, l’apparition cet hiver de plusieurs variants de la Covid-19 a, au contraire, aggravé la situation. À six jours de Noël, une partie du Royaume-Uni s’est confinée à cause d’une nouvelle flambée épidémique liée à un nouveau variant du SARS-CoV-2. Depuis lors, on entend beaucoup parler des variants. Plus contagieux, plus résistants, plus anxiogènes, ces derniers fascinent et inquiètent en même temps.

Qu’est-ce qu’un variant ?

Lorsqu’un virus se propage, il se réplique. Ainsi, tous les virus, y compris le Sars-CoV-2, évoluent au fil du temps et mutent en se modifiant par petites touches lorsqu’il passe d’une personne à une autre. Le coronavirus, par exemple, se caractérise par un patrimoine génétique constitué d’une longue séquence ARN de 30.000 nucléotides. Pour se reproduire, le Sars-Cov-2 doit réaliser une copie de cette longue séquence. Mais il arrive que des erreurs lors de la copie se produisent. Ainsi, le potentiel de mutation des virus augmente avec la fréquence des infections. L’émergence de nouvelles variantes des virus n’est donc pas inattendue des scientifiques.

Types de variants

Selon le Centre pour le contrôle et la prévention des maladies aux États-Unis(CDC),ces variants, qui se caractérisent par des marqueurs génétiques pouvant affecter la transmission du virus, son diagnostic, son traitement ou encore la réponse immunitaire, sont triés en trois catégories :

• Les variants d’intérêt, dont les caractéristiques génétiques potentiellement problématiques justifient une surveillance ;
• Les variants préoccupants ;
• Les variants à haut risque (n’ont pas encore été détectés dans le cas du SARS-Cov-2).

Alors que la plupart des mutations passent inaperçues et ne modifient en rien les effets du virus, et peuvent même être moins contagieuses, elles deviennent préoccupantes dès lors qu’elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l’hôte, explique le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) dans un document publié le 29 décembre 2020. Ces nouvelles souchessont alors analysées et suivies de près.

À ce stade, trois sont considérés comme des «variants préoccupants», selon la dénomination officielle de l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Il s’agit de ceux qui ont d’abord été détectés en Angleterre, en Afrique du Sud et au Japon (sur des voyageurs venant du Brésil, d’où son nom commun de variant brésilien). Tous ces variants sont classés par famille, ou «lignée». En fonction des types de mutations qu’ils ont acquises, les scientifiques peuvent reconstituer un arbre de l’évolution du SARS-CoV-2. D’après une étude publiée dans Annals of Surgery, dans chaque branche de cet arbre, deux mutations par mois apparaissent. Un rythme deux fois moins rapide que celui de la grippe et quatre fois moins élevé que celui du Sida (VIH), ajoute la revue. Notons que si les mutations semblent être apparues tardivement, c’est parce que le virus à l’origine de la Covid-19 est équipé d’un système de correction des erreurs qui a ralenti la vitesse à laquelle celles-ci se sont produites.

Qu’est-ce qu’un recombinant et quelle différence avec un variant ?

Les recombinaisons de virus ne sont pas un phénomène nouveau. Ils sont assez fréquent notamment dans la famille des coronaviridae. Le 17 mars dernier, une enquête menée au Royaume-Uni et publiée sur le site Virological.orgs’est intéressée aux séquences génomiques du virus SARS-CoV-2. Cette étude révèle la découverte de plusieurs recombinants du coronavirus. La recombinaison virale est ce qui s’apparente le plus à une forme de «reproduction sexuelle» chez les virus, indiquent les auteurs. «Deux virus parentaux distincts donnent ainsi naissance à un descendant qui emprunte à ses deux parents, un génome et éventuellement des propriétés biologiques», expliquent-ils. Et d’ajouter que ceci n’est pas le cas des variants «classiques» que nous connaissons depuis quelques mois. En effet, chez les variants britannique, sud-africain et brésilien, il n’y a pas nécessité d’une co-infection par deux virus : une simple erreur dans la réplication du virus entraîne des mutations.

Et le variant marocain ?

Sur sa page Facebook, le professeur Azedine Ibrahimi, directeur du laboratoire de biotechnologie de la Faculté de médecine de Rabat et membre du Comité scientifique national pour la Covid-19, a partagé une publication quant à l’apparition d’un «variant marocain» de la Covid-19 à Ouarzazate. En insistant sur «l’absence de caractéristiques biologiques», il a expliqué que cette souche «n’a été détectée que dans une seule région» et qu’elle «n’a aucun impact sur la propagation du virus ni sur la gravité de la maladie après l’infection ni sur la réponse immunitaire».

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Suite à l’information divulguée par le professeur, le ministère de la Santé a diffusé un communiqué en rassurant sur la normalité de ce phénomène. «À côté des mutations spécifiques des variants détectés, de nouvelles mutations sont régulièrement décelées, mais sans impact clinique ni épidémiologique. Cette dynamique virale est constatée de par le monde», a écrit la tutelle. Jusqu’à présent «aucun autre variant préoccupant (VOC) n’a été confirmé au Maroc». Le Consortium national de veille génomique du SARS-CoV2 continuera à informer les autorités sanitaires de l’évolution génétique des souches du SARS-CoV2 circulantes au Maroc, a ajouté le communiqué.